Міжнародна група дослідників виявила у SARS-CoV-2 невідомий прихований ген, який міг сприяти пандемічному масштабу вірусної інфекції. Про наукову роботи, опубліковану в журналі eLife, коротко розповідається в прес-релізі на Phys.org.
Вчені визначили новий ген, що перекривається з іншими генами, як ORF3d. Він також присутній в раніше виявленому Коронавірусі панголінів. Крім того, ORF3d здатний викликати сильну відповідь антитіл у пацієнтів з COVID-19, що означає, що він кодує білок, що виробляється в ході інфікування людини. Крім того, він не розрізняється для імунних Т-клітин, і фахівці вважають, що це може давати Коронавірусу перевагу в посиленні пандемічного потенціалу.
У РНК-геномі коронавіруса міститься близько 15 генів – ділянок РНК, в яких закодована амінокислотна послідовність того чи іншого білка. Кожній амінокислоті відповідає певна комбінація з трьох нуклеотидів, званих триплет. Послідовність з триплетів, здатна кодувати білок, називається відкритою рамкою зчитування (ORF). Однак може виникнути ситуація, коли зсув на один або два нуклеотида породжує всередині гена нову рамку зчитування, яка кодує абсолютно іншу амінокислотну послідовність. Перекриваємі ORF зустрічаються досить рідко, проте збільшують число білків, які здатні синтезувати віруси.
ORF зазвичай визначаються триплетами, звані стартовими і стоп-кодонами. Вони показують, де починати зчитувати інформацію для синтезу білка і де закінчувати синтез. Однак іноді поруч стоять нуклеотиди з різних триплетів чисто випадково утворюють комбінацію, характерну для таких кодонів. Це ускладнює пошук перекриваючих ORF.
Вчені звернули увагу на ORF3d, оскільки він кодував занадто довгий пептидний ланцюг, ніж якби це була випадкова рамка зчитування. Існування досить протяжної ORF зазвичай вказує на існування в даній ділянці ДНК або РНК (в разі коронавіруса) гена.