Вчені з Франкфуртського університету імені Йоганна Вольфганга Гете ідентифікували ділянки геному, які схожі між коронавірусом SARS-CoV-2, що викликає COVID-19, і SARS-CoV, що викликає SARS. Ці консервативні фрагменти практично не мутують і можуть служити мішенями для ефективних противірусних препаратів. Про виявлення нових уразливих місць патогена повідомляється в статті, опублікованій в журналі Angewandte Chemie.
Дослідники проаналізували геном коронавіруса за допомогою спектроскопії ядерного магнітного резонансу (ЯМР-спектроскопія) і виявили, що 15 фрагментів утворюють незалежні вторинні структури, які потенційно можуть грати роль кишень, що зв’язують ліганди – атоми і молекули, які з’єднуються з нуклеїновими кислотами. Протягом всього 2020 року ці сегменти дуже рідко піддавалися мутаціям.
Вчені зібрали бібліотеку речовин з 768 простих молекул, які могли взаємодіяти з 15 сегментами РНК, і проаналізували результат за допомогою ЯМР-спектроскопії. В ЯМР-спектроскопії молекули спочатку маркуються атомами особливого типу (стабільні ізотопи), а потім піддаються впливу сильного магнітного поля. Ядра атомів порушуються коротким радіочастотним імпульсом, і за спектром випромінювання можна визначити структуру РНК і білка, а також те, як і де зв’язуються невеликі молекули.
В результаті вдалося ідентифікувати 69 невеликих молекул, які пов’язувалися з 13 з 15 сегментів РНК. При цьому три молекули специфічно зв’язуються тільки з одним сегментом РНК. Завдяки цьому вчені змогли показати, що окремі сегменти геному SARS-CoV-2 дуже підходять в якості потенційної структури-мішені для ліків, які блокують реплікацію коронавіруса в зараженій клітині.