Дослідники з Великобританії розробили метод ПЛР-тестування, який дозволяє точно виявляти різні варіанти SARS-CoV-2 навіть у зразках із зруйнованою РНК вірусом. Препринт, що описує нову методику, опублікований на medRxiv.org.
Розроблений вченими з Оксфордського університету та Імперського коледжу Лондона метод аллель-специфічної зондової ПЛР (АСП-ПЛР) дозволяє в реальному часі виявляти вірусні варіанти навіть у зразках з низьким вмістом вірусної РНК, що характерно для пацієнтів із COVID-19 на пізніх стадіях. Дослідники протестували свій спосіб на 1082 зразках, взятих у учасників клінічних досліджень у Великій Британії та Бразилії, та порівняли з результатами секвенування зразків 1771 пацієнта.
Чутливість АСП-ПЛР для альфа-варіанту склала 98 відсотків, а специфічність – 100 відсотків. Крім цього, для гамма-варіанту ці показники склали 90-95 та 91-100 відсотків відповідно. Порівняння результатів нового методу з даними секвенування нового покоління показало, що точність першого на 25 відсотків вища. Коли за допомогою АСП-ПЛР вдалося визначити належність 95 відсотків зразків із зруйнованою РНК, секвенування дозволило це зробити лише 11 відсотків таких зразків. Розробники підкреслюють, що їхній метод легко модифікувати для виявлення нових, невідомих зараз варіантів SARS-CoV-2.