Дослідники з Університету Х’юстона ідентифікували Т-клітини, які відповідають CD8, з високою рухливістю та здатністю до серійного вбивства, що потенційно покращує лікування Т-клітинного раку. У дослідженні використовувався підхід TIMING і секвенування РНК, виявивши молекулярні сигнатури, які передбачають позитивні результати для пацієнтів.
Група дослідників раку з Університету Х’юстона виявила новий тип Т-клітин, який може покращити результати для пацієнтів, які проходять Т-клітинну терапію.
Імунотерапія на основі Т-клітин має величезний потенціал у боротьбі з раком, а часто й у викоріненні його. Цей підхід активує та розробляє імунну систему пацієнта, зокрема його Т-клітини, для виявлення, атаки та знищення ракових клітин. У результаті власні Т-клітини організму функціонують як живі ліки.
Хоча Т-клітинна імунотерапія зробила революцію в лікуванні раку, ще багато чому потрібно навчитися. На жаль, не всі пацієнти реагують на ці методи лікування, тому для покращення клінічної відповіді необхідно краще розуміння властивостей сконструйованих Т-клітин.
Про одне таке дослідження, підтримане грантом Національного інституту здоров’я, повідомляє Nature Cancer лабораторія Навіна Варадараджана, професора доктора медичних наук Андерсона на кафедрі хімічної та біомолекулярної інженерії Вільяма А. Брукшира. У дослідженні використовується запатентований підхід TIMING (Timelapse Imaging Microscopy in Nanowell Grids), який застосовує візуальний штучний інтелект для оцінки поведінки, руху та здатності клітини вбивати.
Відкриття Т-клітин CD8-Fit
«Наші результати показали, що підмножина Т-клітин, позначених як CD8-fit T-клітини, здатна до високої рухливості та серійного знищення, що виявляється виключно у пацієнтів із клінічною відповіддю», — повідомляє перший автор і нещодавній випускник UH Алі Резван у Nature Cancer. Окрім команди UH, серед співавторів – Саттва Нілапу та Харджіт Сінгх, Центр лікування раку Андерсона Техаського університету, Х’юстон; Майк Метті, Kite Pharma; Набіль Ахмед, Техаська дитяча лікарня, Медичний коледж Бейлора, Х’юстон; і Мохсен Фатхі, CellChorus.
Щоб виявити клітини, відповідні CD8, команда використовувала TIMING для відстеження взаємодії між окремими Т-клітинами та пухлинними клітинами в тисячах клітин і об’єднала результати з даними секвенування одноклітинної РНК.
«Т-клітини химерних антигенних рецепторів (CAR), які використовуються для лікування В-клітинних злоякісних новоутворень, можуть ідентифікувати підмножини Т-клітин з вищою клінічною активністю. Використовуючи інфузійні продукти пацієнтів з великоклітинною В-клітинною лімфомою, ми об’єднали функціональне профілювання за допомогою TIMING із субклітинним профілюванням і scRNA-seq, щоб ідентифікувати сигнатуру багатофункціональних Т-клітин CD8 (CD8-fit)», — сказав Резван. «Ми профілювали ці клітини за допомогою секвенування одноклітинної РНК, щоб ідентифікувати молекулярну сигнатуру, відповідну CD8, яку можна було б використовувати для прогнозування довготривалих результатів Т-клітинної терапії пацієнтів, і підтвердили наші висновки за допомогою незалежних наборів даних».
Команда також виявила, що сигнатура CD8-fit присутня у попередньо виготовлених Т-клітинах, довго зберігається у пацієнтів після інфузії та, що найважливіше, пов’язана з довготривалими позитивними клінічними відповідями. На думку дослідників, цілком ймовірно, що ці Т-клітини можуть принести клінічну користь при інших пухлинах.
«Ця робота ілюструє досконалість аспірантів Алі Резвана та Меліси Монталво; а також постдокторські дослідники Меліса Мартінес-Паніагуа та Ірфан Банді, серед інших», – сказав Варадараджан.
CellChorus, допоміжний продукт Single Cell Lab Варадараджана в UH, розробляє платформу TIMING на основі штучного інтелекту. Нещодавно компанія оголосила про виділення 2,5 мільйона доларів США гранту на інноваційні дослідження малого бізнесу від Національного центру розвитку трансляційних наук Національного інституту охорони здоров’я для вдосконалення TIMING для застосувань клітинної терапії.