Candida auris – смертельно небезпечний збудник кандидозу, стійкий до більшості ліків. Всесвітня організація охорони здоров’я відносить цей грибок до тих, хто представляє найбільшу загрозу для людей. Вчені із Сінгапуру нещодавно описали нову скарбу (або тип) Candida auris, з урахуванням чого їх загальна кількість досягла шести.
C. auris легко передається, але через резистентність до багатьох протигрибкових препаратів важко піддається лікуванню. Як і низка інших представників роду Candida, це умовно-патогенний мікроорганізм, який може бути присутнім у природній мікрофлорі людини, не завдаючи шкоди. Він небезпечний для людей з ослабленим імунітетом та важкими супутніми захворюваннями. У зоні підвищеного ризику – пацієнти лікарень з інвазивними пристосуваннями на кшталт дихальних чи поживних трубок та катетерів.
Цей «прилипливий» патоген довго виживає на різних поверхнях, у тому числі медичному устаткуванні, і неодноразово ставав причиною спалахів внутрішньолікарняних інфекцій, що загрожують життю пацієнтів.
Раніше в науковій літературі було описано п’ять скарбів Candida auris (у біології скарбу — група організмів, що мають спільного предка), які виникли в різних точках планети незалежно один від одного. У 2023 році медики виявили нову скарбницю у пацієнта Сінгапурської клініки загального профілю (Singapore General Hospital, SGH). Він здав позитивний аналіз на C. auris, але при цьому протягом двох років не залишав межі країни, що і стало приводом для подальшого розслідування.
У співпраці зі спеціалістами клініки дослідники з Сінгапурського інституту геному (Genome Institute of Singapore, GIS) розробили метод машинного навчання для відстеження потенційно нової скарби C. auris. Потім вони реконструювали геноми виявленого патогена і докладно їх охарактеризували, щоб підтвердити приналежність до скарбниці, генетично відмінної від п’яти інших, відомих науці.
Надалі медики вивчили архів лікарні та виявили ще два аналогічні випадки інфекції. Вчені також перевірили патогени на стійкість до протигрибкових засобів та з’ясували, що вони чутливі до протестованих препаратів.
Свої відкриття за підсумками генотипних та фенотипічних досліджень фахівці описали у науковій статті, яка нещодавно вийшла у журналі The Lancet Microbe. За словами авторів наукової роботи, нова скарба C. auris демонструє близьку спорідненість з представниками IV скарби, що частіше зустрічається в Південній Америці. Відкриття свідчить про раніше невідомі генетичну різноманітність і місце походження C. auris.
Вчені наголосили на важливості клінічних спостережень, пошуку ефективних стратегій секвенування та генетичного аналізу для виявлення нових штамів C. auris, відстеження їх поширення та стримування несприятливих наслідків.
Тепер група дослідників розробляє експериментальну методику з урахуванням машинного навчання, що дозволяє автоматично виявляти нові скарби ранніх етапів. Наявність такого інструменту є особливо актуальною для країн на кшталт Сінгапуру, куди щорічно приїжджають мільйони іноземних гостей.